自然人股东向公司借款超期未还，公司有权要求股东偿还借款，并可根据约定或法定情形主张利息及违约金。接下来，我将对此进行详细分析：

一. 借款关系的法律性质

1. 借款合同的成立：自然人股东与公司之间的借款，实质上形成了借款合同关系。根据《民法典》第六百六十七条，借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。
2. 超期未还的法律后果：借款到期后，股东作为借款人未按时偿还借款，即构成违约。公司作为贷款人，有权要求股东按照合同约定偿还借款本金。

二. 公司的权利

1. 要求偿还借款本金：基于借款合同的约定，公司有权要求股东偿还超期未还的借款本金。
2. 主张利息及违约金：

    - **利息**：若借款合同中约定了利息，公司有权要求股东按照约定支付利息。若未约定利息，但股东逾期未还款，公司可主张逾期利息，通常按照中国人民银行同期贷款利率计算。
    - **违约金**：如借款合同中约定了违约金条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，公司有权要求股东支付违约金。
   

三. 公司的救济途径

1. 协商：公司可与股东进行协商，寻求和解或达成新的还款协议。
2. 诉讼：若协商无果，公司可向法院提起诉讼，要求股东偿还借款、支付利息及违约金。在诉讼过程中，公司需提供借款合同、转账凭证等证据，以证明借款事实及违约情况。

四. 注意事项

1. 公司财务规范：公司应确保借款行为符合公司财务规范及法律法规要求，避免引发税务、审计等风险。
2. 股东权益保护：在追讨借款的过程中，公司应尊重股东的合法权益，避免采取不当手段损害股东利益。

我建议，公司应首先尝试与股东进行协商，明确还款计划及方式。若协商无果，可及时向法院提起诉讼，以维护公司的合法权益。同时，公司应加强对股东借款行为的管理和监督，确保借款行为的合法性和规范性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。