股东从公司借款超过三个月未还款，可能涉及税务合规风险及公司法上的责任问题，需根据具体情况采取不同措施。以下分情况说明：

1. 税务合规风险：视同分红补税

根据《财政部 国家税务总局关于规范个人投资者个人所得税征收管理的通知》（财税〔2003〕158号），若股东从公司借款，在纳税年度终了后（即次年12月31日前）既未归还，又未用于公司生产经营的，其未归还的借款可视为公司对股东的红利分配，需按“利息、股息、红利所得”项目缴纳20%个人所得税。

操作建议：

• 若借款未用于公司经营，且已跨纳税年度，公司需代扣代缴股东的个人所得税（即使未实际分红）；
• 若借款用于公司经营（如临时周转、采购等），需保留合同、付款凭证等证据，避免被税务机关认定为分红。

2. 公司法上的责任：股东滥用权利

根据《公司法》第二十条，股东不得滥用公司法人独立地位和股东有限责任损害公司债权人利益。若股东长期占用公司资金，可能被认定为“滥用权利”，需对公司债务承担连带责任。

操作建议：

• 公司可通过股东会决议要求股东限期还款；
• 若股东拒不还款，公司可起诉股东返还借款，并主张利息损失；
• 若公司已出现债务危机，债权人可申请“法人人格否认”，直接追究股东责任。

3. 民间借贷关系：按约定或法定利率主张利息

若借款行为被认定为股东与公司之间的民间借贷关系（如签订借款合同、约定利息），公司可要求股东按约定还款，并支付逾期利息。若未约定利息，可按LPR（贷款市场报价利率）主张资金占用费。

操作建议：

• 检查借款合同或内部审批文件，明确借款性质（分红、投资还是借贷）；
• 若无书面合同，需通过转账记录、股东会决议等证据证明借贷关系；
• 发送律师函催告还款，保留证据后提起诉讼。

4. 刑事风险：挪用资金罪（特殊情形）

若股东同时担任公司董事、监事或高级管理人员，利用职务便利将公司资金挪归个人使用，数额较大且超过三个月未还，可能构成《刑法》第二百七十二条的挪用资金罪（最高可处七年有期徒刑）。

操作建议：

• 仅适用于“董监高”股东，普通股东不涉及；
• 需证明“职务便利”“挪用行为”“数额较大”（通常10万元以上）等要件；
• 公司可向公安机关报案，追究股东刑事责任。

总结建议

1. 立即核查借款性质：区分是分红、投资、借贷还是挪用，针对性处理；
2. 完善证据链：保留借款合同、审批文件、转账记录、用途证明等；
3. 优先协商解决：通过股东会决议或律师函催告还款，降低诉讼成本；
4. 及时税务申报：若涉及视同分红，需在次年汇算清缴前补缴个税；
5. 评估刑事风险：若股东为“董监高”且数额巨大，需考虑刑事报案。

如有进一步细节（如借款金额、股东身份、资金用途等），可向我补充说明，我会为你提供更精准的方案。