农村安装天然气收费3500元，只要该费用是市场竞争形成且公开透明，不存在不正当行为，即是合法的。具体分析如下：

一. 收费性质的判定

• 根据河南省发展和改革委员会的回复，燃气工程安装费属于市场行为，不属于政府定价范围。这意味着燃气安装企业可以根据市场情况自主定价，但价格信息需要公开透明。

二. 收费合理性的分析

• 国家发改委〔2019〕1131号《关于规范城镇燃气工程安装收费的指导意见》第七条也规定，燃气工程安装收费标准放开由市场竞争形成，并推进价格信息公开透明。这表明，只要燃气安装企业的定价行为符合市场竞争原则，且价格公开透明，那么其收费就是合理的。
• 在您提供的案例中，燃气公司核定安装收费标准统一按3500元/户收取，这一价格如果是基于市场竞争形成的，并且已经公开透明，那么就不存在违法问题。

三. 用户权益的保障

• 如果燃气安装企业存在利用市场优势地位强制服务并收费，收费标准偏高，存在价格欺诈、价格串通、牟取暴利等不正当行为，用户可以向市场监管局投诉，维护自己的合法权益。

综上所述，农村安装天然气收费3500元，在符合市场竞争原则且价格公开透明的前提下，是合法的。如果您认为燃气安装企业的收费行为存在不正当之处，可以向相关监管部门投诉举报。如有进一步需要，您可以继续咨询我。