天然气初装费收取几千元是否合法，需根据具体情况判断。

一. 天然气初装费的政策背景

1. 国家层面的取消：早在2001年，国家发改委585号文件就已经严令取消燃气开户费等费用，这些费用被归入城市基础设施配套费，理应由开发商在购买土地时缴纳。
2. 地方政策的差异：然而，具体执行上可能因地区而异。例如，六安市叶集区因历史原因（如小区建成时间早于燃气公司引入时间），导致小区未配套居民燃气设施，因此当地居民在申请开通管道燃气时，需根据《六安市发展改革委进一步规范我市燃气工程安装费有关事项的通知》缴纳一定费用。

二. 合法性分析

1. 若符合地方政策：如六安市叶集区的情况，居民需缴纳的燃气工程安装费是依据地方发改委的文件规定执行的，那么在此情况下，收取几千元的初装费是合法的。
2. 若违反国家政策或地方政策未规定：如某些地区在没有相关政策支持或已经明确取消初装费的情况下仍然收取，那么这种收费行为则是不合法的。

三. 实例说明

• 以伊犁州为例，当地发改委和住建局已明确规定，居民用水、用电、天然气等入户费用均已纳入商品房建设成本，不应由居民承担。若在此地区仍收取天然气初装费，则属于违法行为。

我建议：具体判断天然气初装费收取几千元是否合法，需结合当地的相关政策文件。若您对此有疑问，可向当地发改委或相关部门咨询，以获取最准确的解答。如有进一步需要，您可以继续咨询我。