同一村集体企业村两委串通一气私自办理两个以上不同性质的营业执照是违法的。以下是对此问题的详细分析：

一. 法律依据与行为界定

根据《中华人民共和国公司法》第七条，公司应当依法设立并取得营业执照，且营业执照应载明公司的经营范围。同时，《中华人民共和国市场主体登记管理条例》第八条也明确规定了市场主体的一般登记事项，包括名称、主体类型、经营范围、住所或主要经营场所等。这意味着，每个市场主体都应当有唯一且明确的营业执照，且营业执照上的信息应当真实、准确。

村两委串通一气私自办理两个以上不同性质的营业执照，显然违反了上述法律法规的规定。这种行为不仅扰乱了市场秩序，还可能导致监管混乱，对村集体企业和其他市场主体造成不公平竞争。

二. 违法行为的后果

1. 法律处罚：对于未依法设立或未取得营业执照的市场主体，根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》等相关法律法规，可能会面临责令改正、没收违法所得、罚款甚至被责令关闭停业等处罚。

2. 责任追究：村两委作为村集体企业的管理者，应当对其行为负责。一旦违法行为被查实，相关责任人可能会受到党纪政纪处分，甚至可能面临刑事责任追究。

三. 建议与措施

1. 加强监管：建议当地市场监督管理部门加强对村集体企业等市场主体的监管力度，确保其依法设立并取得营业执照。

2. 完善制度：村集体企业应建立健全内部管理制度，明确职责分工和决策程序，防止类似违法行为的发生。

3. 提高法律意识：村两委及村集体企业相关人员应提高法律意识，认真学习相关法律法规，做到知法、懂法、守法。

综上所述，同一村集体企业村两委串通一气私自办理两个以上不同性质的营业执照是违法的。这种行为不仅违反了法律法规的规定，还可能对市场秩序和公平竞争造成不良影响。因此，必须依法予以查处并追究相关责任人的法律责任。如有进一步需要，您可以继续咨询我。