民营经济协会未按照章程收取会费是不合法的。以下是对此问题的详细分析：

一. 协会收费应遵循的基本原则

根据国务院办公厅发布的《国务院办公厅关于进一步规范行业协会商会收费的通知》（国办发〔2022〕21号），行业协会商会收费应遵循以下基本原则：

1. 依法合规：收费行为应当遵循法律法规及相关政策要求，不得强制或变相强制入会并收取会费，不得阻碍会员退会。
2. 公开透明：应充分保障会员及其他服务对象的知情权，公示收费项目和标准。
3. 平等自愿：在自愿基础上提供服务，不得强制或者变相强制服务并收费。

二. 会费标准的制定与修改

1. 会员大会表决：会费标准须经会员（代表）大会以无记名投票方式表决通过。未按规定程序制定或修改会费标准的，一律不得收取会费。
2. 公示与监督：行业协会商会应主动公示收费项目、收费性质、服务内容、收费标准及依据等信息，并向会员公示年度财务收支情况，自觉接受社会监督。

三. 违规收费的法律后果

对于违法违规收费，相关部门将进行全面清理取消，并限期退还违法违规所得。此外，行业协会商会还可能面临其他行政处罚或法律责任。

四. 具体案例分析

以宿松个体民营企业协会违规收费为例，该协会在孚玉镇工商所设立分会，并要求个体工商户在办理工商营业执照时缴纳会费，这明显违反了入会自愿的原则和相关法律法规。此类行为不仅损害了会员的合法权益，也破坏了公平竞争的市场环境。

五. 我的建议

我建议民营经济协会在收取会费时，务必严格遵守法律法规和协会章程，确保收费行为的合法性和合规性。同时，协会也应加强内部管理，建立健全会费收取、使用和管理制度，自觉接受社会监督，以维护协会的良好形象和会员的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。