如果公司虚开发票1000多万，而代理法人对此并不知情，其责任需根据具体情况来分析。

一. 代理法人的责任判断

1. 一般原则：根据《中华人民共和国刑法（2023修正）》第二百零五条，单位犯虚开增值税专用发票罪的，会对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法处罚。这意味着，如果代理法人并未直接参与或知情，原则上不应承担直接责任。
2. 不知情的情况：在代理法人不知情的情况下，若其没有参与虚开发票的决策、实施或隐瞒等行为，且能够证明其确实不知情，那么其通常不会被视为直接负责的主管人员或其他直接责任人员，因此不应承担刑事责任。

二. 可能的风险与应对

1. 证明责任：代理法人需要提供充分的证据来证明自己确实对虚开发票的行为不知情，这可能包括但不限于会议记录、邮件往来、内部报告等。
2. 公司内部控制：此事件也反映出公司内部控制可能存在问题。代理法人应借此机会加强公司的财务管理和内部控制，防止类似事件再次发生。

三. 我的观点 虽然代理法人在此情况下可能不承担直接责任，但为了确保自身权益，仍应积极配合相关部门的调查，并提供充分的证据证明自己确实不知情。同时，应加强公司内部管理，确保财务活动的合规性。

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