结论前置：房产过户时，如果房产证上注明是住宅，但有关部门却按商业店面打税过户，这种做法在合法性上存在问题。因为税费的计算应基于房产的实际用途和性质，住宅和商业店面的税费标准是不同的。

详细分析：

1. 房产性质与税费关系：

   • 房产证是房屋所有权的法定凭证，上面注明的房屋性质（如住宅、商业等）是确定税费标准的重要依据。
   • 住宅和商业店面在税费上通常有不同的标准，商业店面的税费往往高于住宅。

2. 合法性问题：

   • 如果房产证上明确注明是住宅，那么有关部门在过户时就应该按照住宅的标准来计收税费。
   • 若有关部门错误地将住宅按商业店面打税，这可能构成行政违法行为，因为这种做法违反了税费征收的法定原则。

3. 可能的原因及解决途径：

   • 这种情况可能是由于工作人员的疏忽或误解导致的。
   • 你可以向有关部门提出异议，要求他们按照房产证上注明的房屋性质来计收税费。
   • 如果异议不被接受，你可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益，比如提起行政诉讼。

4. 法律建议：

   • 在处理此类问题时，建议保留好所有相关的证据材料，如房产证、税费缴纳凭证等。
   • 如果需要法律帮助，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和支持。

综上所述，房产过户时，有关部门应按照房产证上注明的房屋性质来计收税费。如果遭遇不合法或不合理的税费征收，你有权提出异议并寻求法律帮助。