结论：商住房按商业标准收取过户费是否合法不能一概而论，需结合房屋性质、产权登记情况及地方政策综合判断。以下分情况说明：

1. 若商住房产权性质明确为商业用途

根据《中华人民共和国城市房地产管理法》及地方税务规定，商业用房（如商铺、写字楼）的过户税费标准通常高于住宅，包括但不限于增值税、个人所得税、土地增值税、契税等，且税率可能按商业标准执行（例如契税可能为3%-5%，而住宅通常为1%-3%）。
合法性依据：若房屋产权证上明确登记为“商业用地/商服用地”，税务部门按商业标准征税符合法律规定。

2. 若商住房实际为住宅用途但产权性质模糊

部分商住房因规划调整或历史原因，可能存在“名义为商业、实际为住宅”的情况（如40年产权的公寓）。此时需区分：

• 地方政策明确按住宅标准征税：部分城市（如成都、杭州）出台政策，对符合条件的商住房过户按住宅税率执行，此时按商业标准收费可能违法；
  
• 无明确政策时：税务部门通常按产权登记性质征税，即使房屋实际用于居住，若产权证为“商业”，仍可能按商业标准收费。
  建议：可向当地不动产登记中心或税务局申请核查房屋规划用途，若存在登记错误，可要求更正后按实际性质征税。

3. 地方性政策差异的影响

部分地区对商住房过户有特殊规定，例如：

• 减免政策：某些城市为促进商住房流通，对满足条件的交易减免部分税费；
  
• 分类征税：按房屋面积、购买年限等细分标准，而非简单区分“商业”或“住宅”。
  关键点：需以当地税务部门发布的最新政策为准，地方性法规可能优先于一般性规定。

4. 合法性争议的解决路径

若认为收费不合法，可采取以下措施：

1. 要求税务部门出具收费依据：根据《税收征收管理法》，税务机关有义务说明征税的法律依据；
   
2. 申请行政复议或诉讼：若对征税标准有异议，可在收到缴税通知后60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼；
   
3. 核查合同条款：若过户费由买卖双方约定（如合同中写明“按商业标准承担”），则需按合同履行，但可主张合同显失公平要求调整。

总结：商住房过户费是否合法需结合房屋产权性质、地方政策及合同约定综合判断。若对收费标准有疑问，建议携带房屋产权证、购房合同等材料，向当地税务局或不动产登记中心咨询具体政策，必要时通过法律途径维护权益。如有进一步问题，可直接向我咨询。