当公司申请行政复议并委托代理人时，申请人应当写公司的全称，同时注明由代理人代为申请。以下是详细解释：
申请人填写：
- 在申请行政复议时，申请人一栏应填写公司的全称，即公司在工商注册时登记的全称，以确保法律文书的准确性和严肃性。
代理人信息：
- 由于公司委托了代理人代为申请行政复议，因此在填写申请书时，除了写明公司全称作为申请人外，还需要在适当位置（如“代理人”或“委托代理人”一栏）注明代理人的姓名、联系方式及代理权限等信息。
- 代理人可以是公司的法务人员、外部律师或其他被授权的人员，他们将代表公司参与行政复议程序。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国行政复议法》及相关法律法规的规定，公司作为法人实体，有权申请行政复议以维护其合法权益。
- 同时，公司可以委托代理人代为办理行政复议相关事宜，这是法律赋予公司的权利。
综上所述，当公司申请行政复议并委托代理人时，申请人应写公司的全称，并在相应位置注明代理人的信息。这样做既符合法律要求，也能确保行政复议程序的顺利进行。如果还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。