企业有权依据自身规章制度对违反厂区内设置红绿灯的行为进行处罚，但这些规章制度必须合理合法。下面我来详细解释一下：

首先，厂区内部的交通管理通常归属于企业内部管理范畴。这意味着，企业有权根据自身的实际情况和需求，制定相关的交通管理规定，包括设置红绿灯以及违反这些规定的处罚措施。

然而，企业在制定这些规章制度时，必须确保它们处于合理合法的框架之内。具体来说，处罚措施不能过于严厉，以至于损害到员工的合法权益。如果企业规定的罚款数额过高，就极有可能被认定为不合理，从而引发员工的不满和投诉。

此外，员工也有权对企业制定的规章制度提出异议。如果他们觉得企业的罚款决定存在不公或者违反相关规定，可以选择与企业内部的工会组织进行沟通协商，以寻求解决办法。同时，员工也可以向劳动监察部门反映情况，让劳动监察部门对企业规章制度的合法性和合理性进行审查。

综上所述，企业在厂区内设置红绿灯并对违反规定的行为进行处罚是合理的，但前提是这些规章制度必须合理合法，且不得损害员工的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。