纪委不会将普通员工用自己资金投资合法私企认定为违规办企业。以下是对此问题的详细分析：

一. 普通员工投资合法私企的行为性质

1. 合法性与权利：根据《中华人民共和国宪法》和相关法律法规，公民享有合法的财产权和投资权。普通员工作为公民，有权使用自己的合法财产进行投资，包括投资合法私企。

2. 资金来源与投资行为：只要资金来源合法，且投资行为本身不违反法律法规，普通员工投资合法私企就不构成违纪违法。例如，使用自己的工资、储蓄或其他合法收入进行投资，是完全合法的。

二. 纪委对违规办企业的认定标准

1. 违规办企业的定义：违规办企业通常指的是公务员或国家工作人员违反相关规定，利用职权或职务上的影响，为自己或他人谋取私利，从事或参与营利性活动。这包括但不限于投资入股、经商办企业等行为。

2. 认定标准：纪委在认定违规办企业时，会重点考察是否存在利用职权或职务上的影响、是否为自己或他人谋取私利、是否违反相关规定从事营利性活动等因素。普通员工投资合法私企，如果不涉及上述因素，则不会被认定为违规办企业。

三. 实际案例与经验

1. 实际案例：在司法实践中，已有多个案例表明，普通员工用自己资金投资合法私企并不构成违纪违法。这些案例通常强调资金来源的合法性、投资行为的自愿性和合规性。

2. 经验总结：纪委在查处违规办企业案件时，会严格区分普通员工的合法投资行为与违规办企业行为。只要普通员工的投资行为符合法律法规和纪委的相关规定，就不会受到查处。

我的观点：纪委在认定违规办企业时，会严格遵循相关法律法规和纪委的相关规定，确保查处工作的公正性和准确性。普通员工用自己资金投资合法私企，只要不涉及利用职权或职务上的影响、为自己或他人谋取私利等违规行为，就不会被认定为违规办企业。如有进一步需要，您可以继续咨询我。