针对您提出的“非法营运车辆有责任时，对方保险公司是否会理赔”的问题，这确实是一个涉及多个层面的复杂问题。以下是对此问题的详细解答：

首先，我们需要明确的是，保险公司是否会理赔，主要取决于两个关键因素：一是保险类型（交强险或商业险），二是保险合同的具体条款以及相关法律法规的规定。

一、交强险的赔偿情况

交强险作为法定强制保险，其设立的主要目的是为了保障交通事故受害人的合法权益。因此，无论车辆是否处于非法营运状态，只要发生了交通事故并符合交强险的理赔条件，保险公司通常都需要在责任限额范围内对受害人的人身伤亡和财产损失承担赔偿责任。这体现了交强险的公益性和社会保障性。

然而，也需要注意一些特殊情况。例如，如果驾驶人存在未取得驾驶资格、醉酒驾驶、被盗抢期间肇事或故意制造事故等特定情形，保险公司在垫付抢救费用后有权进行追偿。虽然非法营运本身并不是法定的追偿情形，但如果非法营运与事故的发生有密切关联（如导致疲劳驾驶、超速超载等），保险公司可能会在实际理赔后主张追偿权。

二、商业险的赔偿情况

在商业险种方面，情况则有所不同。商业险合同往往将“从事非法营运活动”列为免责事由。这是因为非法营运增加了车辆的运行风险，违背了保险合同的风险评估和约定。保险公司是基于车辆非营运性质来确定保费的，如果允许非法营运事故得到赔偿，将损害保险公司的利益，也违背了公平原则。

因此，如果保险合同中明确约定了非法营运为免责范围，并且保险公司已经履行了明确说明和提示义务，那么在非法营运发生事故时，保险公司是有权拒绝赔偿的。反之，如果保险公司未能履行该义务，那么免责条款可能会被视为无效，保险公司仍然需要承担赔偿责任。

三、综合考量与建议

在处理这类问题时，保险公司通常会对事故进行详细调查，以确定是否存在免责情形。同时，非法营运车辆的责任认定也需要考虑法律层面的规定。一般来说，车辆的实际支配人以及侵权人需要承担责任，如果驾驶人存在违规驾驶行为，也需要承担相应的责任。如果运输经营者明知车辆在进行非法营运但仍然支配车辆，那么可能会承担连带赔偿责任。

为了避免潜在的纠纷和损失，建议车主和驾驶者严格遵守交通法规，不从事非法营运活动。在投保时，应仔细阅读保险合同条款，了解保险责任范围和免责事由。这样不仅可以确保自身权益得到有效保障，也可以减少因违法行为而带来的不必要的麻烦和损失。

综上所述，非法营运车辆有责任时对方保险公司是否会理赔，需要根据具体情况进行综合判断。但无论如何，遵守法律法规、合规运营始终是确保自身和他人权益的最有效途径。