针对“村干部是否可以发加班费”的问题，这并非一个简单的是非题，而是需要根据具体情况和相关政策法规来综合判断。以下是对这一问题的详细解答：

首先，从政策层面来看，关于村干部的薪酬和福利待遇，通常会有相应的政策规定或指导意见。这些政策可能由地方政府或相关部门制定，用于规范村干部的薪酬结构、福利待遇以及加班补偿等方面的内容。因此，要判断村干部是否可以发加班费，首先需要查阅相关政策文件，了解当地对于村干部薪酬和福利待遇的具体规定。

其次，从实际情况来看，村干部的工作性质和职责往往比较特殊，他们可能需要在非正常工作时间处理村务、解决村民问题或参与紧急事务等。在这些情况下，如果村干部确实存在加班行为，并且按照相关政策规定应该获得加班补偿，那么发放加班费是合理的。然而，由于村干部的工作往往难以严格按照标准工时进行计量，加班的具体时间和工作量也可能难以准确统计，因此在实际操作中可能会存在一定的困难。

以你提供的参考信息为例，该答复函指出由于村（社区）干部的特殊性，加班工资在统计上存在困难。因此，当地政府在年终考核时对村（社区）干部进行了综合考虑。这种做法可能是一种折中的方式，既考虑了村干部的加班付出，又兼顾了实际操作中的困难。

综上所述，村干部是否可以发加班费需要根据当地政策规定和实际情况来综合判断。如果相关政策明确规定村干部在加班时应获得加班补偿，并且加班时间和工作量能够准确统计，那么发放加班费是合理的。然而，在实际操作中可能会存在一定的困难和挑战，需要当地政府和相关部门根据实际情况进行灵活处理。同时，也建议村干部在加班时保留好相关证据和记录，以便在需要时进行维权或申诉。