针对您提出的“离职单上勾选是个人原因但劳动关系解除证明上又勾选的是协商解除劳动关系”这一问题，以下是我的详细分析：

核心结论：

离职单上勾选“个人原因”与劳动关系解除证明上勾选“协商解除劳动关系”并不矛盾，两者可以并存，但具体法律效果和后续权益可能有所不同。

分析说明：

1. 离职单上的“个人原因”：

   • 这通常表示员工因个人原因（如家庭、健康、职业发展等）主动提出离职。
   • 在这种情况下，员工可能无法享受某些因用人单位原因导致的离职所享有的权益，如经济补偿金等。

2. 劳动关系解除证明上的“协商解除劳动关系”：

   • 这表示双方经过协商，一致同意解除劳动关系。
   • 协商解除可以是员工提出，也可以是用人单位提出，关键是双方达成了共识。
   • 协商解除劳动关系时，双方可以就经济补偿、工作交接等事项进行协商，并达成书面协议。

3. 两者并存的情况：

   • 在实践中，员工可能因个人原因提出离职，但与用人单位协商后，双方同意以协商解除的方式结束劳动关系。
   • 这种情况下，虽然离职的初衷是个人原因，但最终的解除方式是通过协商达成的。
   • 因此，在离职单上勾选“个人原因”的同时，在劳动关系解除证明上勾选“协商解除劳动关系”并不矛盾。

4. 法律效果和后续权益：

   • 具体的法律效果和后续权益取决于双方协商的内容以及当地的法律法规。
   • 如果双方就经济补偿等事项达成了协议，并且该协议不违反法律法规的强制性规定，那么双方均应按照协议履行。
   • 如果因协议履行发生争议，双方可以通过劳动仲裁或诉讼等方式解决。

总结与建议：

离职单和劳动关系解除证明是两种不同的文件，它们各自承载不同的法律意义和功能。在填写这些文件时，应确保内容的真实性和准确性，并避免产生歧义。如果对于离职原因和解除方式有任何疑问或不确定的地方，建议咨询专业律师或人力资源部门的相关人员，以确保自己的权益得到妥善保护。