针对您提出的“虚开增值税专用发票中侵吞过账资金怎么处理”的问题，这确实是一个涉及法律定性和处理方式的复杂问题。以下是我根据相关法律和具体案例为您提供的详细解答：

首先，我们要明确的是，虚开增值税专用发票本身是一种违法行为，它违反了税收管理法规，并可能导致国家税款的损失。然而，在虚开增值税专用发票的过程中，如果行为人进一步侵吞了过账资金，这就涉及到了更为严重的法律后果。

从法律定性的角度来看，侵吞过账资金的行为并不简单地等同于虚开增值税专用发票罪。根据具体的法律条款和司法实践，这种行为更可能构成诈骗罪。这是因为，行为人以非法占有为目的，通过虚构事实或隐瞒真相的方法，诱导被害单位将资金转入其控制的账户，并承诺会返还，但实际上却拒绝返还，从而非法占有了被害单位的财物。

以您提供的案例为例，被告人陆某某与被害单位B公司达成协议，虚开增值税专用发票，并收取一定的手续费。为了掩盖事实，双方签订了虚假的“购货合同”，并约定由B公司将“货款”汇入A公司账户。然而，陆某某在收款后却拒绝返还，这明显构成了诈骗罪。因为陆某某的主观动机是非法占有被害单位的过账资金，而虚开增值税专用发票只是他实现这一目的的手段。

对于这种行为，法律将给予严厉的制裁。根据刑法的规定，诈骗罪是指以非法占有为目的，用虚构事实或者隐瞒真相的方法，骗取数额较大的公私财物的行为。对于犯诈骗罪的行为人，将根据其诈骗的数额和情节轻重，判处相应的有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处或者单处罚金。

因此，对于虚开增值税专用发票中侵吞过账资金的行为，司法机关将依法追究行为人的刑事责任，并根据其犯罪情节和数额大小，作出相应的判决。同时，这种行为也可能引发民事纠纷，被害单位可以通过法律途径追究行为人的民事责任，要求其赔偿损失。

综上所述，虚开增值税专用发票中侵吞过账资金是一种严重的违法行为，它将受到法律的严厉制裁。对于这种行为，我们应该保持警惕，加强防范，并及时向司法机关举报，以维护社会的公正和法治秩序。