调解协议程序违法是可以申请撤销的。具体来说：
法定可撤销情形：若调解协议存在法定可撤销情形，如因重大误解订立的、一方以欺诈手段使对方在违背真实意思的情况下订立的、一方利用对方处于危困状态或缺乏判断能力等情形致使调解协议显失公平的，受损害方或受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
行使撤销权的期限：当事人应在知道或应当知道撤销事由之日起一年内，通过法院或仲裁机构行使撤销权。超过这一期限，撤销权将消灭，当事人将无法通过法律途径撤销调解协议。
调解协议的法律效力：如果调解协议不存在上述可撤销的情形，那么它就应当被视为具有法律效力的文件。当事人应当按照协议的约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除调解协议。
综上所述，调解协议程序违法时，当事人可以根据相关法律规定申请撤销。但在行使撤销权时，需注意法定的撤销情形和行使期限，以确保自身权益得到有效保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。