调解程序违法的情况下，三年后一般不能直接撤销调解书，但存在特定情形时可能例外。以下从不同角度为你详细分析：
一、一般情况：超过申请撤销期限，难以直接撤销
根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，当事人对已经发生法律效力的调解书，提出证据证明调解违反自愿原则或者调解协议的内容违反法律的，可以申请再审。但申请再审的期限通常为六个月，自当事人知道或者应当知道该事由之日起计算。这意味着，如果调解程序违法，但当事人在知道或应当知道该事由之日起六个月内未申请再审，那么三年后一般就超过了申请撤销的期限，难以直接撤销调解书。
二、特定情形：可能突破期限限制，撤销调解书
尽管存在上述期限限制，但在某些特定情形下，当事人仍可能突破期限限制，申请撤销调解书。例如：
调解书存在重大错误：如果调解书的内容存在重大错误，如计算错误、法律适用错误等，且该错误对当事人的权益产生了重大影响，那么即使超过了申请再审的期限，当事人也可能通过其他途径（如向法院提出异议、申请执行监督等）寻求救济。不过，这种情况下的撤销并非直接基于调解程序违法，而是基于调解书内容的错误。
新证据的出现：如果当事人在申请再审期限届满后，发现了新的证据，且该证据足以证明调解程序违法或调解协议的内容违反法律，那么当事人可能依据该新证据申请再审或采取其他法律措施。但这种情况下的撤销同样面临一定的挑战，因为新证据的发现和证明需要满足一定的条件。
调解程序违法且损害国家利益、社会公共利益：在极少数情况下，如果调解程序违法且损害了国家利益或社会公共利益，那么即使超过了申请再审的期限，相关机关（如检察院）也可能依据法律规定提起抗诉或建议再审，从而撤销调解书。
三、法律建议
及时行使权利：如果你认为调解程序违法，且该违法情形对你的权益产生了影响，那么建议你及时行使权利，在知道或应当知道该事由之日起六个月内申请再审。
收集证据：在申请再审或采取其他法律措施前，建议你尽可能收集相关证据，以证明调解程序违法或调解协议的内容违反法律。
咨询专业律师：由于法律问题具有复杂性和专业性，建议你在处理此类问题时咨询专业律师的意见。我可以根据你的具体情况，为你提供更详细的法律建议和帮助。
最后需要强调的是，每个案件的具体情况都有所不同，因此上述分析仅供参考。如果你面临具体的法律问题，建议你直接向我咨询，以便我能根据你的具体情况为你提供更准确的法律建议。