针对您提出的“基准日以合同签订前28天为准，但是合同在先施工后再签订这种情况怎么办”的问题，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确的是，合同中约定的“基准日以合同签订前28天为准”这一条款，其本意是为了确定某个特定的时间点作为合同履行的基准或参考。然而，当合同的实际签订顺序与这一条款的预设情况不符，即先施工后签订合同时，就产生了您所提到的这种情况。
一、分析基准日条款的效力
合同条款的约束力：在合同中，双方自愿达成的条款具有法律约束力。但如果条款的履行条件在事实上已经无法实现（如本例中的“合同签订前28天”作为基准日），则需要考虑该条款的实际可执行性。
实际履行与条款冲突：既然合同已经在实际施工后才签订，那么“合同签订前28天”这一时间点实际上已经不存在。因此，该条款在事实上无法被履行。
二、处理建议
协商修改条款：双方可以协商修改合同中的基准日条款，以符合实际情况。例如，可以将基准日修改为合同签订日、施工开始日或其他双方认可的时间点。
明确责任与义务：在修改条款的同时，双方应明确各自的责任与义务，确保合同的公平性和可执行性。
补充协议：如果修改条款涉及重大变更，建议双方签订补充协议，以明确变更后的合同内容。
法律咨询：在处理此类问题时，如果双方对合同条款的理解或修改存在分歧，可以寻求专业律师的法律咨询，以确保合同的合法性和有效性。
三、法律后果
合同条款无效：如果双方无法就基准日条款的修改达成一致，且该条款的履行条件在事实上已经无法实现，那么该条款可能被视为无效条款。
合同争议解决：如果因基准日条款的争议导致合同无法履行或产生纠纷，双方可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决争议。
综上所述，当合同中的基准日条款与实际履行情况不符时，双方应协商修改条款以确保合同的公平性和可执行性。如果无法达成一致或产生纠纷，可以寻求专业律师的法律咨询和协助。