在支付宝上协商好只还本金，通常不会直接给出书面的协商凭据。但支付宝的协商还款过程一般会有电子记录，这可以作为双方达成协议的间接证据。不过，为了确保你的权益，我建议你采取以下措施来增强协议的有效性：

1. 保存聊天记录：确保你保存了与支付宝客服或相关工作人员的完整聊天记录，包括协商过程、达成的协议内容等。这些聊天记录在后续如果出现争议时，可以作为证据使用。

2. 要求电子确认：在协商达成后，你可以要求支付宝方面通过电子邮件、短信或其他电子方式发送一份确认函或协议概要，明确双方的权利和义务。虽然这不是严格意义上的“协商凭据”，但也能起到一定的证明作用。

3. 录音或录屏：如果条件允许，你可以在协商过程中进行录音或录屏，以保留更直接的证据。但请注意，录音或录屏前需确保不违反相关法律法规和支付宝的使用规定。

4. 后续跟进：在协商达成后，务必密切关注还款进度和支付宝方面的反馈。如果出现任何问题或争议，及时与支付宝客服联系，并保留好相关沟通记录。

总之，虽然支付宝上协商好只还本金不会直接给出书面的协商凭据，但你可以通过保存聊天记录、要求电子确认、录音或录屏以及后续跟进等方式来增强协议的有效性并保护自己的权益。如果有任何法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。