协商一次性结清只还本金并出具结清证明的做法，其可信度主要取决于双方的协商过程及结清证明的法律效力。以下是对此问题的详细分析：
一. 协商过程的合法性
- 双方自愿：协商一次性结清只还本金，必须是基于双方自愿的原则进行。任何一方不得存在欺诈、胁迫等违法行为。
- 明确协议：协商过程中，双方应明确协议内容，包括结清金额、还款方式、还款时间等，并确保这些条款不违反法律法规。
二. 结清证明的法律效力
- 证明内容：结清证明应明确载明借款人已全部结清借款本金，且不再承担其他任何费用或义务。证明内容应真实、准确、完整。
- 签字盖章：结清证明应由贷款机构或债权人正式出具，并加盖公章或由其法定代表人（或授权代表）签字确认。
- 法律效力：结清证明一旦出具，即具有法律效力。如果贷款机构或债权人后续再提出其他要求，借款人可以此证明进行抗辩。
三. 实际操作中的注意事项
- 保留证据：借款人在还款及获取结清证明的过程中，应保留好所有相关证据，如转账记录、聊天记录、结清证明原件等。
- 验证证明：在获取结清证明后，借款人可以通过官方渠道（如电话、官网等）验证证明的真实性。
四. 法律风险
- 虚假证明：如果贷款机构或债权人出具虚假的结清证明，借款人可能会面临法律风险。因此，在协商及获取证明的过程中，借款人应谨慎行事。
- 后续纠纷：即使出具了结清证明，如果双方后续因其他问题产生纠纷，仍可能涉及法律诉讼。因此，建议借款人在协商过程中尽量明确双方权利义务，避免留下隐患。
我的观点：协商一次性结清只还本金并出具结清证明的做法，在双方自愿、合法协商且结清证明具备法律效力的情况下是可信的。但借款人在操作过程中应谨慎行事，保留好相关证据，并验证结清证明的真实性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。