要证明农村自建房工程中存在点工事实，包工头可以向法院提供以下几方面的证据：
施工记录：详细记录每日或每阶段的工作内容、工时、参与人员等，特别标注出点工（即按天或按小时计酬的临时工人）的工作情况。这些记录应由包工头或现场负责人签字确认，并尽可能由工人本人也签字确认，以增强其证明力。
工资支付凭证：提供点工的工资支付记录，包括支付时间、金额、支付方式（如现金、银行转账等）以及收款人的签字确认。这些凭证能够直接证明包工头向点工支付了报酬，从而间接证明点工事实的存在。
证人证言：邀请现场的其他工人、监理或业主作为证人，出具书面证言或出庭作证，证明点工在特定时间、地点参与了施工工作。证人证言应包含证人的基本信息、与案件的关系以及所见证的具体事实。
照片或视频证据：在施工过程中拍摄的照片或视频，特别是能够清晰显示点工在施工现场工作的画面，也是有力的证据之一。这些证据应注明拍摄时间、地点，并由拍摄人或保管人签字确认其真实性。
其他书面材料：如施工合同、补充协议、会议纪要等，其中可能包含关于点工使用的约定或记录，也能作为证明点工事实的依据。
综上所述，包工头可以通过提供施工记录、工资支付凭证、证人证言、照片或视频证据以及其他书面材料等多种方式来证明农村自建房工程中存在点工事实。在收集证据时，应注重证据的客观性、关联性和合法性，以确保其证明力。