当借贷关系不明确时，法院的判决会依据全案的证据来综合判定。以下是对此问题的详细分析：

1. 举证责任与证据审查：

   • 法院会遵循“谁主张，谁举证”的原则，要求主张借贷关系存在的一方承担举证责任，提供如借条、转账记录、聊天记录等能够相互印证的证据，以形成完整的证据链。
   • 法院会对双方提供的证据进行全面审查，包括证据的合法性、关联性和证明力大小。

2. 证据不足与举证不能的后果：

   • 如果主张借贷关系存在的一方无法提供充分的证据，或者提供的证据不足以证明借贷事实，那么其可能会承担举证不能的不利后果，即法院可能驳回其诉讼请求。

3. 证据有瑕疵或争议较大的处理：

   • 在双方证据都有瑕疵或者争议较大的情况下，法院会采用高度盖然性标准，即看哪一方的证据能让法官更倾向于相信借贷关系存在，就支持哪一方。
   • 法院会运用逻辑推理和日常生活经验法则，对全案证据进行综合判断。

4. 判决结果：

   • 法院的判决会依据具体案件事实和证据情况，秉持公平、公正的原则作出。
   • 如果判决确定了借贷关系成立，而被执行人没有按照判决履行义务，法院可以采取查封、扣押、冻结其财产等强制执行的措施，以此来保障出借人的合法权益。

综上所述，当借贷关系不明确时，法院的判决会依赖于双方提供的证据以及法院对证据的综合审查判断。因此，在民间借贷过程中，当事人务必注意保留好相关证据，以降低因事实不清而产生的法律风险。如有进一步的法律问题或需要具体的法律建议，请直接向我咨询。