总包单位不能直接对分包单位发停工令。下面我将对此进行详细分析：

一. 总包与分包的关系及责任

1. 根据《中华人民共和国建筑法》第二十九条，建筑工程总承包单位可以将承包工程中的部分工程发包给具有相应资质条件的分包单位，但分包必须符合法律规定和合同约定。
2. 总承包单位和分包单位就分包工程对建设单位承担连带责任，这意味着两者在分包工程上是一个整体，共同对建设单位负责。

二. 停工令的发放权限

• 停工令通常是由具有相应管理权限的部门或单位，如建设单位、监理单位或政府相关部门，在发现施工质量、安全等问题时，为了保障工程质量和安全而发出的。
• 总包单位虽然对分包单位有管理和协调的职责，但并不具备直接发出停工令的权限。如果分包单位的工作存在问题，总包单位应该通过合同约定的方式，如通知、警告或请求建设单位介入等方式来处理。

三. 实际操作中的建议

• 如果总包单位认为分包单位的工作存在严重问题，需要停工整改，应该首先与分包单位进行沟通，明确问题并提出整改要求。
• 如果分包单位不配合整改或问题严重，总包单位可以及时向建设单位报告，并请求建设单位采取相应措施，包括发出停工令。

综上所述，总包单位不能直接对分包单位发停工令，而应该通过合同约定的方式或向建设单位报告来处理分包单位的问题。如有进一步需要，您可以继续咨询我。