作为课题负责人与单位协商解除劳动合同，但课题没有结束，后期可能存在经济补偿、权益保障、法律责任等多方面的风险。以下是对这些风险的详细分析：

一. 经济补偿风险

1. 经济补偿不明确：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十六条，用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。但若协商过程中未就经济补偿达成明确协议，劳动者可能面临无法获得应有补偿的风险。
2. 补偿标准争议：即使双方同意给予经济补偿，但在补偿的具体数额、支付方式等方面可能存在争议，导致后续纠纷。例如，劳动者可能认为补偿标准过低，不足以弥补其因劳动合同解除而遭受的经济损失。

二. 权益保障风险

1. 社会保险断缴：劳动合同解除后，若用人单位未及时为劳动者办理社会保险停缴手续，可能导致劳动者社会保险权益受损。
2. 未休假期处理：劳动者在解除劳动合同前可能享有未休的年假、病假等假期，协商解除时若未就这些假期的处理达成一致，劳动者的休假权益可能受到侵害。
3. 影响就业记录：协商解除劳动合同的记录可能出现在劳动者的就业档案中，对后续求职产生一定影响，尤其是当用人单位对劳动者的离职原因有特定要求时。

三. 法律责任风险

1. 竞业限制风险：部分劳动合同中可能包含竞业限制条款，协商解除时若未就竞业限制的相关事宜进行明确，劳动者可能面临违反竞业限制的风险，从而承担违约责任。
2. 协议无效风险：如果协商解除协议存在欺诈、胁迫或乘人之危、“重大误解”或者“显失公平”等情形，根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释（三）》第十条，当事人请求撤销的，人民法院应予支持。这意味着协议可能被认定为无效，劳动者有权要求重新协商或寻求法律救济。

我建议：

1. 明确经济补偿：在协商解除劳动合同时，双方应就经济补偿的具体数额、支付方式等事项达成明确协议，并写入解除协议中。
2. 保障劳动者权益：用人单位应及时为劳动者办理社会保险停缴手续，并就未休假期等事宜与劳动者达成一致。同时，应确保解除协议不会对劳动者的就业记录产生不利影响。
3. 规范协商过程：协商解除劳动合同时，双方应遵循平等自愿、协商一致的原则，并确保协商过程合法合规。避免使用欺诈、胁迫等手段迫使劳动者同意解除协议。
4. 签订书面协议：双方应签订书面的解除协议，明确约定解除劳动合同的具体事项、双方的权利义务等内容。书面协议是证明双方协商一致解除劳动合同的重要证据。

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