项目法人擅自批复设计变更，可能会面临责令改正、罚款等行政处罚。具体分析如下：
一. 法律依据
《建设工程质量管理条例》第六十三条：违反本条例规定，有下列行为之一的，责令改正，处10万元以上20万元以下的罚款：……（四）涉及建筑主体或者承重结构变动的装修工程，没有设计方案擅自施工的；……。虽然此条例直接针对的是装修工程，但类推适用，对于建设项目的设计变更，若未经批准擅自实施，同样可能面临责令改正和罚款的处罚。
《建设工程勘察设计管理条例》第三十三条：建设工程勘察、设计单位应当严格执行国家关于建设工程勘察、设计方面的法律、法规、标准和规范，不得随意变更已经批准的勘察设计文件。如需变更，应当按照国家规定的程序报原审批部门批准。未经批准擅自变更勘察设计文件的，由县级以上人民政府建设行政主管部门责令改正，并处以罚款。此条例明确规定了擅自变更勘察设计文件的法律责任。
二. 处罚措施
根据上述法律法规，项目法人擅自批复设计变更，可能会面临以下处罚措施：
责令改正：相关行政主管部门会要求项目法人立即停止擅自变更设计的行为，并按照原批准的设计文件进行施工。
罚款：根据违规情节的严重程度，项目法人可能会被处以一定数额的罚款，具体数额由行政主管部门根据相关法律法规和实际情况确定。
三. 实际影响与后续建议
实际影响：擅自批复设计变更不仅可能导致工程质量问题，还可能影响工程进度和工程造价，甚至引发安全事故。因此，项目法人应严格遵守相关法律法规，确保设计变更的合法性和合规性。
后续建议：如项目法人确需变更设计，应按照国家规定的程序报原审批部门批准，并确保变更后的设计符合相关法律法规和工程质量要求。我建议项目法人在今后的项目管理中加强合规意识，确保所有设计变更都经过合法审批。
综上所述，项目法人擅自批复设计变更可能会面临责令改正和罚款的处罚。如有进一步需要，您可以继续咨询我。