车主应首先与抵押权人（朋友）进行协商，明确款项结清的事实，并尝试达成和解。若协商无果，车主可通过法律途径维护自身权益。以下是对该问题的详细分析：

一. 协商与沟通

1. 明确事实：车主应首先与抵押权人（朋友）进行坦诚的沟通，明确款项已经结清的事实，并出示相关证据（如转账记录、结清证明等）。
2. 尝试和解：在确认事实的基础上，双方应尝试达成和解，例如，车主可以要求抵押权人承认账目并返还相关文件或物品。

二. 法律途径

1. 提起诉讼：若协商无果，车主可以向人民法院提起诉讼，要求确认抵押行为无效并追回款项。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，抵押权与其担保的债权同时存在，债权消灭的，抵押权也消灭。因此，若款项已经结清，抵押权应随之消灭，车主有权要求返还抵押物或追回款项。

2. 收集证据：在提起诉讼前，车主应充分收集相关证据，包括但不限于抵押合同、转账记录、结清证明等，以证明款项已经结清的事实。

3. 法律程序：车主需按照法律程序进行诉讼，包括提交起诉状、缴纳诉讼费、参加庭审等。在庭审过程中，车主应充分陈述事实、提供证据，并据理力争以维护自身权益。

三. 其他建议

1. 咨询专业律师：车主在采取任何行动前，建议咨询专业律师以了解具体的法律程序和风险。律师可以根据车主的实际情况提供个性化的法律建议。
2. 保留证据：在整个过程中，车主应妥善保留所有与抵押、款项结清相关的证据和文件，以备不时之需。

综上所述，车主在面对抵押车朋友结清款项但车主不承认账的情况时，应首先尝试通过协商与沟通解决问题。若协商无果，车主可通过法律途径维护自身权益，包括提起诉讼、收集证据等。在整个过程中，车主应咨询专业律师以了解具体的法律程序和风险，并妥善保留所有相关证据和文件。