协议完毕后有争议，起诉的案由应根据争议的具体内容来确定。一般来说，协议争议可能涉及的案由主要包括合同纠纷、确认合同效力纠纷等。以下是详细分析：
一. 合同纠纷
- 合同履行纠纷：如果争议焦点在于合同是否得到正确履行，如一方未按照协议约定履行其义务，或者履行不符合约定，那么案由应为合同履行纠纷。- 例如，甲乙双方签订了一份销售合同，但在交货时间、货物质量或支付方式上存在争议，这就属于合同履行纠纷。
- 合同解除纠纷：如果一方要求解除合同，而另一方不同意，或者双方对合同解除后的责任分担有争议，那么案由为合同解除纠纷。
- 合同变更或撤销纠纷：如果一方认为合同存在重大误解、欺诈、胁迫等情形，要求变更或撤销合同，而另一方不同意，那么案由为合同变更或撤销纠纷。
二. 确认合同效力纠纷
- 合同无效纠纷：如果一方主张合同无效，如认为合同违反法律法规的强制性规定，或者存在恶意串通、损害国家、集体或第三人利益等情形，那么案由为合同无效纠纷。
- 合同效力待定纠纷：如果合同效力取决于某些未确定的事实或法律行为，如等待审批、追认等，那么案由为合同效力待定纠纷。
我建议，在起诉前，您应仔细审查协议内容，明确争议焦点，并根据争议的具体性质来确定合适的案由。如有进一步需要，您可以继续咨询我。