发包人的工程质量有问题时，不能对承包人主张背靠背条款。以下是对此问题的详细分析：

一. 工程质量问题的法律后果

1. 验收合格是前提：根据《中华人民共和国建筑法》第六十一条，建筑工程竣工经验收合格后，方可交付使用。若工程质量不符合同约定，即意味着工程未经验收合格或存在质量缺陷。
2. 质量问题的责任：若工程存在质量问题，发包人有权要求承包人承担修复、赔偿等责任，但此时发包人不能依据背靠背条款来推卸自己的付款责任。

二. 背靠背条款的适用条件

1. 背靠背条款的含义：背靠背条款通常指的是在合同中约定，发包人收到上游款项后再向承包人支付相应款项的条款。
2. 适用前提：背靠背条款的适用前提是发包人与承包人之间的合同关系正常，且工程质量符合合同约定。若工程质量存在问题，则发包人不能以此条款为由来拒绝或延迟支付承包人的款项。

三. 法律依据与结论

1. 法律依据：根据《建设工程质量管理条例》第十六条，建设工程必须经验收合格后方可交付使用。若工程存在质量问题，则发包人不能主张背靠背条款来逃避付款责任。
2. 结论：因此，当发包人的工程质量有问题时，不能对承包人主张背靠背条款。发包人应首先解决工程质量问题，并承担由此产生的相应责任。

综上所述，发包人在工程质量有问题的情况下，不能对承包人主张背靠背条款。如有进一步需要，您可以继续咨询我。