在发包人明知挂靠的情况下，被挂靠人能否向发包人主张工程款，需分情况讨论：
一、合同关系角度
直接合同关系：
- 若被挂靠企业与发包人直接签订了建设工程施工合同，并且该合同合法有效（尽管挂靠行为本身违法，但合同效力需单独判断，如地方政策要求必须具备一定资质的企业作为合同签订方时，合同可能被认定为有效），则被挂靠企业作为合同一方主体，有权依据合同约定向发包人主张工程款。不过，这种情况在挂靠行为中较为少见，因为挂靠的本质就是无资质或低资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义承揽工程。
表见代理：
- 若被挂靠企业虽未直接与发包人签订合同，但其行为（如允许挂靠人以其名义进行施工、提供资质文件等）导致发包人有合理理由相信挂靠人是代表被挂靠企业进行施工，构成表见代理。此时，被挂靠企业同样可以向发包人主张工程款，但需提供充分证据证明表见代理的存在，如发包人因被挂靠企业的行为而产生的合理信赖、挂靠人以被挂靠企业名义进行施工的相关证据等。
二、实际履行角度
- 实际参与施工管理：
- 如果被挂靠企业在施工过程中实际参与了工程管理，如派遣技术人员、管理人员对工程质量、进度等进行把控，提供了部分施工设备或材料等，那么它可以基于其实际投入和贡献，向发包人或挂靠人主张相应的工程款份额。这要求被挂靠企业提供确凿的证据证明其实际参与和投入，如施工日志、管理人员派遣记录、设备材料采购发票等。
三、挂靠协议角度
- 与挂靠人的约定：
- 虽然挂靠行为本身违法，但如果被挂靠企业与挂靠人之间签订的挂靠协议中明确约定了在特定条件下被挂靠企业可以主张工程款，且该约定不违反法律法规的强制性规定（如不损害国家、集体或第三人利益），那么在符合约定条件时，被挂靠企业可以依据该协议向挂靠人主张权利。然而，由于挂靠协议的无效性（因违反法律强制性规定而无效），这种约定在法律上的效力可能受到质疑，因此需谨慎对待。在实际操作中，即使协议中有相关约定，被挂靠企业也可能面临难以通过法律途径直接向发包人主张工程款的风险。
四、法律法规角度
挂靠行为的违法性：
- 挂靠行为违反了《建筑法》、《建设工程质量管理条例》等法律法规的禁止性规定，因此挂靠合同或协议在法律上往往是无效的。这意味着被挂靠企业不能简单地依据挂靠合同来主张工程款。
发包人明知挂靠时的法律救济：
- 在发包人明知挂靠的情况下，如果实际施工人（挂靠人）已经完成了工程并经验收合格，根据“事实行为产生法律效力”的原则，实际施工人有权要求支付工程款。此时，若工程款流经被挂靠企业账户，被挂靠企业可能因涉及工程款的流转而面临一定的法律风险。但被挂靠企业能否直接向发包人主张工程款，仍需根据具体情况判断，如是否构成表见代理、是否实际参与了施工管理等。
综合建议
在处理被挂靠施工企业主张工程款的问题时，应综合考虑多种因素，包括合同关系的有效性、实际履行的程度、挂靠协议的约定以及相关法律法规的规定等。由于挂靠行为的复杂性和法律风险，建议被挂靠企业在实际操作中：
- 收集并保存好相关证据：如合同文件、施工日志、管理人员派遣记录、设备材料采购发票等，以证明其实际参与和投入。
- 谨慎对待挂靠协议：避免签订违法违规的挂靠协议，即使签订了也需明确约定各方权利义务及违约责任等条款。
- 寻求专业法律帮助：在涉及挂靠行为的工程款纠纷中，由于法律关系的复杂性和法律风险的高发性，建议被挂靠企业及时寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到有效维护。
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