卖淫拘留13天的档案是不会消失的。下面我详细为你解释一下：

首先，根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，卖淫、嫖娼的，处十日以上十五日以下拘留，可以并处五千元以下罚款。因此，卖淫被拘留13天，是依据法律规定进行的行政处罚。

其次，关于档案的问题，公安机关在办理治安案件时，会制作治安管理处罚决定书，并将相关材料存档备查。这些存档的材料，包括治安管理处罚决定书、询问笔录、证据材料等，就构成了所谓的“档案”。这些档案是公安机关依法履行职责的记录，也是后续可能涉及的法律程序（如行政复议、行政诉讼等）的重要依据。

最后，这些档案会按照公安机关的档案管理规定进行保存，保存期限根据档案的重要性和类型而有所不同。但一般来说，这些档案是不会轻易销毁的，也就是说，卖淫拘留13天的档案是会长期保存的。

所以，卖淫拘留13天的档案不会消失，它会作为公安机关的执法记录长期保存。如果你对此还有其他疑问，或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。