市场监管案件调查期间，当事人针对扣押申请复议，一般不会影响案件的正常调查。下面我将从几个方面详细解释这个问题：

1. 复议与调查并行不悖：

   • 市场监管案件的调查是行政机关依法对涉嫌违法行为进行查处的过程，而扣押是调查过程中的一种强制措施。
   • 当事人对扣押措施不服，有权依法申请行政复议或提起行政诉讼，但这并不妨碍行政机关继续对案件进行调查。

2. 复议不影响调查程序：

   • 复议程序是针对具体行政行为（如扣押）的合法性进行审查，而调查程序是对涉嫌违法行为的事实进行查明。
   • 两者虽然可能涉及同一案件，但各自的目的和程序是独立的，互不干扰。

3. 特殊情况下的处理：

   • 如果复议机关认为扣押措施存在明显违法或不当之处，可能会要求行政机关予以纠正或撤销。
   • 在这种情况下，行政机关可能需要重新评估扣押措施的必要性，但这并不意味着整个调查程序会因此中止或终止。

4. 法律建议：

   • 当事人在申请复议的同时，也可以积极配合行政机关的调查，提供必要的证据和说明，以维护自己的合法权益。
   • 如果认为行政机关的调查行为存在违法或不当之处，除了申请复议外，还可以考虑通过其他法律途径（如诉讼）进行维权。

综上所述，市场监管案件调查期间，当事人针对扣押申请复议，一般不会影响案件的正常调查。当事人可以依法行使自己的复议权利，同时也有义务配合行政机关的调查工作。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。