行政案件还在调查阶段，通常是可以申请行政复议的，但需满足一定条件，且需在法定期限内提出。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、可申请行政复议的一般情形
行政复议的核心在于为行政相对人提供一个对行政机关具体行政行为进行复查的机会。只要行政相对人认为行政机关的具体行政行为侵犯了其合法权益，并且该行为属于行政复议的受案范围，那么无论行政案件是否已经查结，都可以在规定的期限内提出行政复议申请。例如，若行政机关在调查过程中作出了暂扣许可证、罚款等具体行政行为，而行政相对人认为这些行为违法或不当，那么即使后续调查尚未完成，行政相对人也有权依法申请行政复议。
二、申请行政复议需满足的条件
存在具体行政行为：行政复议的对象是具体的行政行为，因此，申请行政复议的前提是行政机关已经作出了对当事人权利义务产生实际影响的具体行政行为。如果行政机关仅处于调查阶段，尚未作出任何具体行政行为，那么此时通常不能申请行政复议。
与行政行为有利害关系：申请人必须与申请复议的具体行政行为有利害关系，即该行政行为直接影响了申请人的合法权益。
有明确的复议请求和理由：申请人需要明确提出复议请求，并详细说明为何认为该具体行政行为不合法或不适当。
在法定期限内提出：根据法律规定，行政相对人通常需要在知道或应当知道该行政行为之日起的一定期限内（如六十日内）提出复议申请。逾期提出的，复议机关可能不予受理。
三、申请行政复议的流程与注意事项
准备相关证据材料：包括行政处罚决定书、事实证据等，以支持复议请求。
确定复议机关：了解清楚应向哪个行政复议机关提出申请，以及提交申请材料的具体流程。一般来说，复议机关为作出具体行政行为的行政机关的上一级行政机关或同级人民政府。
提交复议申请：按照复议机关的要求，提交书面复议申请或通过其他法定方式提出申请。
等待复议结果：复议机关将在法定期限内对复议申请进行审查，并作出复议决定。申请人对复议决定不服的，还可以依法向人民法院提起行政诉讼。
四、实际案例应用
以某企业被环保部门调查为例，若环保部门在调查过程中作出了责令停产整顿的决定，而该企业认为自己并未违反环保法规，环保部门的决定缺乏事实依据，那么即使后续调查尚未完成，该企业也有权在规定时间内向法定的复议机关申请行政复议，要求撤销该责令停产整顿的决定。在申请过程中，该企业应提供充分的证据材料支持其复议请求，并明确说明环保部门的决定存在哪些违法或不当之处。
建议：如果你或你的企业正处于类似情况，且认为行政机关的具体行政行为侵犯了你的合法权益，不妨及时咨询并考虑申请行政复议。在申请过程中，务必确保满足复议条件，并在法定期限内按照法定程序提出。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。