撤销农用地备案手续本身并不直接构成行政处罚。行政处罚通常是由行政机关对违反行政法律法规的单位或个人所实施的一种惩罚措施，比如罚款、警告、没收违法所得、责令停产停业、暂扣或吊销许可证、行政拘留等。

在您提供的参考信息中，英德市南国童话原野庄园生态农业发展有限公司因未经批准擅自非法占用集体土地进行建设，构成了破坏耕地和非法占地的违法行为，因此受到了广东省自然资源厅的行政处罚。该处罚包括责令限期治理破坏的耕地、退还非法占用的土地、拆除或没收非法占用土地上的建筑物及其他设施，以及处以相应数额的罚款等。

而撤销农用地备案手续，可能是对该公司违法行为的一种纠正措施，即取消其原本不合法的农用地使用备案，使其恢复到未备案的状态。这更多是一种行政监管手段，用于纠正违法行为，而不是对违法行为的直接处罚。

因此，撤销农用地备案手续和行政处罚虽然都是行政机关对违法行为的管理措施，但它们的性质和目的有所不同。撤销备案是纠正违法行为，而行政处罚则是对违法行为进行惩罚。