占用永久基本农田作为畜禽养殖项目粪污处理，确实会被认定为改变土地用途。以下是对此结论的详细解释：
一、法律依据
根据《中华人民共和国土地管理法》及其实施条例，永久基本农田是依法划定的特定区域，实行严格保护，确保其数量不减少、质量不降低，主要用于粮食生产。任何单位和个人不得擅自改变其用途。
二、改变土地用途的认定
土地用途的定义：
- 土地用途是指土地的具体利用方式和功能，如耕地用于种植农作物，建设用地用于建造建筑物等。
- 永久基本农田的用途是特定的，即主要用于粮食生产。
畜禽养殖项目粪污处理的性质：
- 畜禽养殖项目粪污处理是养殖活动的附属设施，用于处理养殖过程中产生的粪便和污水。
- 这种设施并不属于粮食生产活动，而是属于养殖业的附属设施。
改变土地用途的判定：
- 将永久基本农田用于畜禽养殖项目粪污处理，即将原本用于粮食生产的土地转变为用于养殖附属设施的土地。
- 这种转变符合改变土地用途的定义，即土地的具体利用方式和功能发生了变化。
三、法律后果
根据相关法律法规，擅自改变永久基本农田用途是违法的，可能会面临以下法律后果：
- 行政处罚：相关主管部门可能会责令恢复原状、罚款等行政处罚。
- 刑事责任：如果情节严重，构成犯罪的，还可能依法追究刑事责任。
四、建议
如果你或你的企业有此类需求，建议：
- 咨询相关部门：在项目实施前，咨询当地自然资源主管部门，了解土地用途变更的相关政策和程序。
- 依法申请变更：如需变更土地用途，应依法向相关部门提出申请，并按照规定的程序办理变更手续。
- 合规使用土地：确保土地的使用符合法律法规的规定，避免擅自改变土地用途而引发法律风险。
综上所述，占用永久基本农田作为畜禽养殖项目粪污处理会被认定为改变土地用途，且可能面临严重的法律后果。因此，建议相关单位和个人在项目实施前务必咨询相关部门，并依法办理相关手续。