刑事案件中营业执照被没收，应首先确认没收是否合法，如不合法可通过法律途径要求返还，并追究相关责任。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：
一. 没收营业执照的合法性分析
在刑事案件中，营业执照被没收通常与案件调查、证据收集等程序相关。然而，并非所有情况下，执法机关都有权没收营业执照。因此，首先需要判断没收行为是否合法。
法律依据：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关法律法规，执法机关在刑事案件中有权采取多种强制措施，包括查封、扣押等，但这些措施的实施必须严格依法进行，且需与案件相关。
实例说明：若营业执照与案件无直接关联，或执法机关未按照法定程序进行没收，则该没收行为可能违法。
二. 如何应对营业执照被非法没收
确认并收集证据：首先，应确认营业执照确实被没收，并尽可能收集相关证据，如没收通知书、执法人员身份信息等。
向执法机关提出异议：认为没收行为不合法时，应及时向执法机关提出异议，要求说明没收理由，并提供法律依据。
申请返还：若执法机关无法提供充分法律依据支持没收行为，或经核实营业执照与案件无关联，应向执法机关申请返还营业执照。
法律救济途径：如执法机关拒绝返还或未予回应，可通过行政复议、行政诉讼等法律途径寻求救济。
三. 营业执照被没收后的后续处理
经营影响评估：营业执照是公司合法经营的重要凭证，被没收后需评估对公司经营的具体影响。
临时应对措施：在营业执照被没收期间，需采取临时措施维持公司基本运营，如使用副本、申请临时经营许可等（需根据具体情况判断可行性）。
长期规划：根据营业执照被没收的原因及持续时间，制定长期经营规划，包括可能的法律诉讼、业务调整等。
我建议，在确认营业执照被非法没收后，应尽快采取法律措施维护公司权益。同时，保持与执法机关的沟通，了解案件进展及营业执照的处理情况。如有进一步需要，您可以继续咨询我。