若店里不存在任何不合法行为，但营业执照被警局拿走，可按照以下步骤处理：

1. 问清原因和依据，要求出具法律文书：

   • 警察一般不会随意拿走营业执照。若执照被拿走，首先应当问清具体原因和法律依据，并要求警察出具相关的法律文书，如扣押决定书等。这是保障自身权益的重要步骤，也是后续维权的基础。

2. 配合调查，但保留相关证据：

   • 若警察因办案需要依法调取营业执照，如涉及违法犯罪调查，企业应当配合。然而，在配合调查的过程中，务必注意留存与警察沟通的相关证据，如沟通记录、视频录像等。这些证据在后续维权过程中可能起到关键作用。

3. 若认为行为不合法，可通过行政复议或行政诉讼维权：

   • 若认为警察拿走营业执照的行为不合法，如未说明原因、未出具法律文书等，可以通过行政复议或行政诉讼来维权。
     • 行政复议：可向该警察所属公安机关的上一级机关或同级人民政府提出行政复议申请。在申请中，应详细陈述事实、理由和依据，并附上相关证据。
     • 行政诉讼：若对行政复议结果不满，或认为直接提起行政诉讼更为合适，可向有管辖权的法院提起行政诉讼。在诉讼过程中，同样需要提供充分的证据来支持自己的主张。

4. 关注调查进展，及时取回营业执照：

   • 若营业执照被拿走是因为涉及企业违法犯罪调查，企业应积极配合调查。待调查结束且确认企业无违法行为后，警察应当返还营业执照。在此过程中，企业应关注调查进展，及时与警方沟通，确保在符合条件的情况下尽快取回营业执照，以恢复正常经营。

在处理此类事件时，还需注意以下几点：

• 保持冷静，避免冲突：在面对警察执法时，务必保持冷静和理性，避免与警察发生冲突或对抗行为。这有助于维护自身权益，也有助于问题的顺利解决。
• 及时咨询专业律师：若对法律程序或自身权益存在疑虑，建议及时咨询专业律师。律师能够提供专业的法律意见和帮助，确保在维权过程中不犯错误。

若遇到类似情况，建议按照上述步骤处理，并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。