公司直接拿营业款退给小股东，这一行为在大多数情况下是不合法的。下面我将从法律角度进行详细分析：

一. 公司财产与股东财产的独立性

• 根据《中华人民共和国公司法》第三条，公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。这意味着公司的营业款属于公司财产，而非股东个人财产。
• 股东以其认缴的出资额为限（有限责任公司）或以其认购的股份为限（股份有限公司）对公司承担责任，并享有相应的股东权利。但这并不意味着股东可以直接从公司拿走营业款。

二. 股东退股的法定程序

• 股东若希望退出公司并获取其投资回报，通常需要按照公司章程或相关法律规定进行股权转让、公司减资或公司解散清算等程序。
• 直接拿营业款退给股东，绕过了这些法定程序，违反了公司法的相关规定。

三. 滥用股东权利的责任

• 根据《中华人民共和国公司法》第二十条，公司股东应当遵守法律、行政法规和公司章程，依法行使股东权利，不得滥用股东权利损害公司或者其他股东的利益。
• 直接拿营业款退给小股东，可能构成滥用股东权利，损害公司或其他股东的利益，依法应承担赔偿责任。

综上所述，公司直接拿营业款退给小股东是不合法的。这一行为违反了公司财产与股东财产的独立性原则，也违反了股东退股的法定程序，并可能构成滥用股东权利。我建议公司应严格按照公司法和公司章程的规定处理股东退股事宜，避免引发法律纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。