结论：公司注销时，小股东的股本一般不可以被合法扣留。

详细分析：

1. 公司注销的法律程序：

   • 公司注销是一个复杂的法律程序，它涉及到公司资产的清算、债务的清偿以及股东权益的分配等多个环节。在这个过程中，必须严格遵守《公司法》等相关法律法规的规定。
   • 根据《公司法》的规定，公司注销前必须进行清算，清算组在清算期间应清理公司财产、编制资产负债表和财产清单，并制定清算方案。清算方案需报股东会、股东大会或者人民法院确认，并按照清算方案清偿公司债务后，剩余财产按照股东的出资比例或持股比例进行分配。

2. 小股东股本的处理：

   • 在公司注销过程中，小股东的股本（即其持有的公司股份所对应的价值）应当得到妥善处理。根据清算方案，剩余财产在清偿完公司债务后，应按照股东的出资比例或持股比例进行分配。这意味着，小股东有权按照其持股比例获得相应的剩余财产分配。
   • 除非存在特定情形（如小股东存在未履行的出资义务、损害公司利益等违法行为，且经法律程序确认后需承担相应责任），否则公司或清算组无权扣留小股东的股本。

3. 合法扣留的例外情况：

   • 如果小股东存在未按照公司章程或法律规定履行出资义务的情况，且该未出资部分在公司注销时仍未得到补足，那么公司或清算组在清算过程中可能会根据法律规定和清算方案，从小股东应得的剩余财产分配中扣除其未出资的部分。但这种情况下的“扣留”并非无依据的扣留，而是基于小股东未履行出资义务的合法扣除。
   • 另外，如果小股东存在损害公司利益的行为，且经法律程序确认需承担赔偿责任，那么公司或清算组也可能在清算过程中从小股东应得的剩余财产分配中扣除其应承担的赔偿金额。但同样，这种情况下的扣除也是基于法律程序的合法扣除，而非无依据的扣留。

4. 法律建议：

   • 对于小股东而言，如果担心在公司注销过程中其股本被非法扣留，可以积极了解公司注销的进展情况，参与清算组的清算工作，并确保自己的合法权益得到保障。
   • 如果发现公司或清算组存在非法扣留股本的行为，小股东可以及时向相关部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

总结：公司注销时，小股东的股本一般不可以被合法扣留。除非存在特定情形（如小股东未履行出资义务或损害公司利益等），且经法律程序确认后需承担相应责任，否则公司或清算组无权扣留小股东的股本。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。