结论前置：工作9年但3年前才签劳动合同，劳动者仍然可以申请劳动仲裁来维护自身权益，但需注意仲裁时效及证据准备。

详细分析：

1. 可以申请仲裁的法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条，因确认劳动关系、订立、履行、变更、解除和终止劳动合同等发生的争议，均属于劳动争议范畴，劳动者有权申请劳动仲裁。

2. 仲裁可能涉及的权益：

   • 未签合同的双倍工资：虽然劳动者在入职初期未签订劳动合同，但根据《劳动合同法》第八十二条，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应向劳动者每月支付二倍的工资。然而，需注意《劳动争议调解仲裁法》第二十七条规定的仲裁时效，即劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，对于超过时效部分的双倍工资请求，可能无法得到支持。
   • 确认无固定期限劳动合同关系及补签：既然劳动者已经工作9年，且3年前已签订劳动合同，根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位自用工之日起满一年不与劳动者订立书面劳动合同的，视为已订立无固定期限劳动合同。劳动者可通过仲裁确认与企业之间存在此关系，并要求补签书面的无固定期限劳动合同。
   • 补缴社保及经济补偿：如果企业未依法为劳动者缴纳社会保险，劳动者可以要求企业补缴在职期间的社会保险费。同时，在企业违法解除劳动关系等情况下，劳动者可以主张相应的经济补偿或赔偿金。

3. 申请仲裁的准备：

   • 劳动者需准备仲裁申请书，详细写明双方信息、仲裁请求、事实和理由等。
   • 提供身份证明、企业的工商登记信息以及相关证据材料，如工资条、工作证、考勤记录、同事证言等，以证明劳动关系及工作时长。

4. 实际操作建议：

   • 在提起仲裁前，劳动者可尝试与用人单位进行协商，看是否能通过和解的方式解决争议。
   • 考虑到法律程序的复杂性和时效性，建议劳动者在提起仲裁前详细咨询劳动法律相关规定，以便更准确地评估自己的权益和制定合适的策略。

综上所述，工作9年但3年前才签劳动合同的劳动者有权向劳动争议仲裁委员会提起仲裁，但在实际操作中需注意时效问题和证据准备，以确保自己的合法权益得到有效维护。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。