对于不起诉的案件，处理方式会因案件性质和具体情况而有所不同。以下是一些可能的处理方式：
一、法定不起诉案件的处理
法定不起诉，又称绝对不起诉，是指检察机关对移送审查起诉的案件进行审查后，认为犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪或依法不应追究刑事责任，从而作出不将犯罪嫌疑人移送人民法院审判的处理决定。对于此类案件，一般可以根据不起诉决定书中认定的事实，依规依纪依法进行研判处置。
如果犯罪嫌疑人没有犯罪事实或者情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪而不起诉的，纪检监察机关或相关主管部门可以不再办理立案手续，直接根据不起诉决定书进行处置。但如果还存在其他违纪违法行为，则应进行进一步审查调查，一并作出处理。
对于因犯罪已过追诉时效期限而不起诉的案件，司法机关虽不再追究犯罪行为人的刑事责任，但并不影响对其犯罪行为的评价。纪检监察机关或相关主管部门可以依据不起诉决定书所确定的事实，给予党纪政务处分。
涉嫌依照刑法告诉才处理的犯罪，如侮辱罪、诽谤罪等，因撤回告诉而不起诉的，纪检监察机关或相关主管部门应及时研判处置该类不起诉决定所涉问题线索，决定是否开展进一步的审查调查。
二、酌定不起诉案件的处理
酌定不起诉，又称相对不起诉，是指检察机关对符合犯罪构成要件、具备起诉条件，但犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者可以免除刑罚的案件，依法作出不起诉决定。对于此类案件，监察机关或相关主管部门在收到检察机关转来的不起诉决定书后，可直接根据检察机关已认定的相关事实进行处分，一般不需办理立案手续。
三、存疑不起诉案件及其他情形的处理
存疑不起诉是指检察机关对移送审查起诉的案件，因证据不足或存在其他疑虑，无法确定犯罪嫌疑人是否构成犯罪而作出的不起诉决定。对于此类案件，以及其他因各种原因导致不起诉的案件，如果检察机关认为需要给予被不起诉人行政处罚、政务处分或其他处分的，应提出检察意见，连同不起诉决定书一并移送有关主管机关处理，并要求有关主管机关及时通报处理情况。
此外，值得注意的是，即使案件被不起诉，也并不意味着被不起诉人完全不需要承担任何责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，对于犯罪情节轻微不需要判处刑罚的，可以免予刑事处罚，但可以根据案件的不同情况，予以训诫或者责令具结悔过、赔礼道歉、赔偿损失等。同时，如果被不起诉人是党员或公职人员，还可能面临党纪政务处分。
综上所述，对于不起诉的案件，应根据案件性质和具体情况采取不同的处理方式，确保法律的公正和权威得到维护。