公司自设博士工作室是合法的。但需注意，该博士工作室应作为公司的分支机构或子公司进行合法登记，以确保其运营活动的合法性。以下是对此问题的详细分析：
一. 工作室与公司的法律地位
- 工作室的法律地位：工作室一般为个体工商户，不具有法人资格，其财产责任为无限连带责任。这意味着，工作室的债务需由工作室财产先行清偿，不足部分可能需由经营者个人财产承担。
- 公司的法律地位：公司是企业法人，拥有独立的法人财产权，并以全部财产对公司的债务承担责任。有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任，股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。
二. 公司自设博士工作室的合法性
- 合法性基础：公司在运营过程中，可以根据业务需要设立工作室。博士工作室作为一种特殊类型的工作室，专注于科学研究和技术开发，其设立同样需要遵循相关法律法规。
- 合法登记要求：若公司希望自设博士工作室，该工作室应作为公司的分支机构或子公司进行合法登记。这包括向相关政府部门提交必要的申请材料，如公司章程、股东信息、经营范围等，并经过审查获得营业执照。
- 未登记的风险：若公司自设的博士工作室未进行合法登记，将无法进行商业活动，否则将面临非法经营的风险。这不仅可能导致行政处罚，还可能对公司的声誉和长期发展造成不利影响。
三. 博士工作室的特殊要求
- 独立法人资格：在某些地区，如深圳市宝安区，博士工作室的申报和管理办法明确要求申报单位具备独立法人资格。这意味着公司自设的博士工作室在申请相关资助或认定时，可能需要满足这一条件。
- 科研和生活保障能力：博士工作室需要具备为在站博士提供必需的科研和生活保障能力。这包括提供必要的科研设施、经费支持以及适宜的生活条件。
- 管理制度和工作机制：博士工作室还需要具备正常运行的管理制度和健全的工作机制，包括具体管理机构、工作人员、经费及场地保障等。
四. 我的建议
- 咨询专业人士：在设立博士工作室之前，公司应咨询专业人士，如律师或会计师，以确保其设立过程符合相关法律法规的要求。
- 完善登记手续：公司应确保博士工作室作为分支机构或子公司进行合法登记，并办理所有必要的行政手续。
- 关注特殊要求：根据所在地区的具体规定，公司应关注博士工作室的特殊要求，如独立法人资格、科研和生活保障能力等，并确保满足这些要求。
综上所述，公司自设博士工作室是合法的，但前提是必须按照相关法律法规进行合法登记，并满足可能的特殊要求。如有进一步需要，您可以继续咨询我。