单位投保的团体意外险赔偿款不能在总赔偿中扣除。以下是对此问题的详细分析：

一. 团体意外险与工伤赔偿的性质不同

1. 团体意外险的性质：团体意外险是用人单位为职工投保的一种人身保险，其目的在于为职工在发生意外伤害时提供额外的经济保障。这种保险的受益人是职工或其近亲属，而非用人单位。
2. 工伤赔偿的性质：工伤赔偿是用人单位因职工在工作过程中发生工伤而依法应承担的赔偿责任。这是用人单位的法定义务，与是否投保团体意外险无关。

二. 法律依据明确禁止抵扣

• 根据《中华人民共和国建筑法》第四十八条，建筑施工企业必须为职工参加工伤保险，这是法定义务。而投保团体意外险是倡导性要求，不能替代工伤保险。
• 同时，《中华人民共和国保险法》的相关规定也明确指出，用人单位为职工投保人身保险，受益人须为该职工或其近亲属。因此，团体意外险的赔偿款应直接支付给职工或其近亲属，而不能被用人单位用于抵扣其应承担的工伤赔偿款。

三. 实际案例支持不能抵扣的观点

• 以您提供的案例为例，建筑公司虽然为职工孙某投保了团体意外险，但并未依法为其缴纳工伤保险费。孙某在工作中发生意外死亡后，其亲属要求公司赔偿各项损失。公司试图将团体意外险的赔偿款抵扣其应付的工伤赔偿款，但这一做法是不合法的。因为团体意外险的赔偿款是孙某或其近亲属的权益，与公司应承担的工伤赔偿责任是两个独立的法律关系。

综上所述，单位投保的团体意外险赔偿款不能在总赔偿中扣除。这是由团体意外险与工伤赔偿的性质不同、法律依据明确禁止抵扣以及实际案例支持不能抵扣的观点所决定的。我建议单位应依法履行其工伤赔偿义务，并尊重职工或其近亲属作为团体意外险受益人的权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。