若宅基地不规则底水被占用，法院会依据具体情形作出判决，首先会查明事实，确认宅基地的归属及底水使用情况，若确属原告所有且被告存在侵占行为，法院会判决被告停止侵占行为，恢复原状或进行金钱赔偿。具体分析如下：

1. 确认宅基地归属及底水使用情况：

   • 法院会仔细查明宅基地的归属权，以及底水的具体使用情况和范围。这是判决的基础，需要确保权利归属清晰。

2. 判决被告停止侵占行为：

   • 若经查明，宅基地及其底水确属原告所有，而被告存在侵占行为，法院会首先判决被告立即停止侵占行为。这是保护原告合法权益的直接措施。

3. 恢复原状或金钱赔偿：

   • 若侵占行为导致宅基地底水无法恢复原状，法院会判决被告以金钱赔偿等方式弥补原告的损失。赔偿金额会根据实际损失情况、双方过错程度以及相关法律法规进行确定。

4. 考虑双方过错程度：

   • 法院在判决过程中会充分考虑双方的过错程度。如果被告是故意侵占且情节严重，法院可能会对其进行相应的处罚，以体现法律的威严和公正。

5. 法律依据：

   • 在整个判决过程中，法院会严格依据《中华人民共和国民法典》等相关法律规定进行。这些法律规定为宅基地权利人的合法权益提供了有力的法律保障。

综上所述，若宅基地不规则底水被占用，法院会依据具体情形作出公正合理的判决，以保护原告的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。