建筑工程招标文件中明确智慧工地和实名制不取费，开工后要求办理仍然合法。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 招标文件与合同条款的约束力

1. 招标文件的内容：招标文件是工程发包方为明确工程承包条件、范围、要求等而制定的文件，对投标者具有约束力。一旦投标者接受并中标，招标文件的内容即成为合同的一部分。
2. 合同条款的履行：根据《中华人民共和国合同法》的相关规定，合同是双方意思表示一致的产物，双方应严格按照合同约定履行各自的义务。因此，即使招标文件中明确智慧工地和实名制不取费，但开工后发包方要求必须办理，承包方仍需遵守，因为这属于合同约定的工程实施条件。

二. 智慧工地和实名制的要求

1. 智慧工地的意义：智慧工地是现代建筑施工管理的一种新模式，通过信息化手段提高施工效率和管理水平。虽然招标文件中可能未将此费用计入，但智慧工地的实施对于工程质量和安全管理具有重要意义。
2. 实名制的必要性：实名制是保障建筑工人权益、规范用工行为的重要措施。根据相关法律法规，建筑工地应实行实名制管理，以确保工人的合法权益得到保障。

三. 法律合规性

1. 法律法规的遵循：尽管招标文件中未将智慧工地和实名制的费用计入，但开工后发包方要求办理并不违反法律法规。因为智慧工地和实名制是符合建筑行业管理要求和法律法规的，承包方应遵守并执行。
2. 合同变更的可能性：如果承包方认为智慧工地和实名制的实施将对其造成较大经济负担，可以与发包方进行协商，看是否可以调整合同条款或增加相应费用。但这需要双方协商一致，并签订补充协议。

综上所述，即使建筑工程招标文件中明确智慧工地和实名制不取费，开工后发包方要求必须办理仍然是合法的。承包方应遵守合同约定，积极履行相关义务，确保工程的顺利进行。如有进一步需要，您可以继续咨询我。