非法转让宅基地的主管机关是县级以上人民政府农业农村主管部门、自然资源部门以及乡镇人民政府。详细分析如下：

一. 责任部门及职责

1. 县级以上人民政府农业农村主管部门：根据相关法律法规，农业农村主管部门在宅基地改革和管理中扮演重要角色。对于非法转让宅基地的行为，该部门有权进行调查处理，并依法作出相应的行政处罚。

2. 自然资源部门：作为土地资源的管理和监督机构，自然资源部门对土地违法行为具有查处职责。在非法转让宅基地的案件中，该部门会参与调查，核实土地转让的合法性，并对违法行为进行处罚。

3. 乡镇人民政府：乡镇人民政府对本辖区内的土地使用情况进行管理和监督。在发现非法转让宅基地的行为时，乡镇人民政府会进行初步调查，并协助上级部门进行处理。

二. 法律依据

• 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，任何单位和个人不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让土地。对于非法转让宅基地的行为，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令限期改正，没收违法所得，并处罚款。
• 同时，该法还规定，自然资源部门对违反土地管理法律、法规的行为进行监督检查，并依法进行处罚。

三. 处理流程

1. 发现违法行为：相关部门在日常监管中发现或接到举报称存在非法转让宅基地的行为。
2. 调查核实：由自然资源部门或农业农村主管部门对违法行为进行调查核实，包括查阅相关文件、询问当事人等。
3. 作出处理：根据调查结果，由县级以上人民政府农业农村主管部门或自然资源部门依法对违法行为作出处理，如责令限期改正、没收违法所得、处罚款等。
4. 执行与监督：处理决定作出后，相关部门会监督执行情况，并确保违法行为得到纠正。

我建议，若您发现存在非法转让宅基地的行为，应及时向当地县级以上人民政府农业农村主管部门、自然资源部门或乡镇人民政府举报，以便相关部门及时查处，维护土地市场的秩序和您的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。