开网店和公司合作一件代发时，要求支付保证金的行为并不总是合理的。这主要取决于合作的具体条款、合同内容以及相关的法律法规。以下是对此问题的详细分析：

一. 从合同法的角度来看

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这意味着，在合同中明确约定保证金是合法的，但前提是这种约定必须公平、合理，并且符合双方的真实意愿。如果合同中关于保证金的约定存在不公平、不合理的情况，或者存在欺诈、胁迫等违法行为，那么这种约定是无效的。

二. 从劳动法的角度来看

虽然开网店与公司合作一件代发不属于典型的劳动关系，但我们可以借鉴劳动法的相关规定来判断保证金的合理性。根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条，用人单位招用劳动者时，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。这一规定虽然直接针对的是劳动关系，但其中蕴含的保护劳动者（或合同一方）合法权益的精神同样适用于其他类型的合同关系。因此，如果公司在合作过程中以不合理的方式要求支付保证金，这可能构成对合同一方合法权益的侵犯。

三. 从实际操作的角度来看

1. 一件代发的模式：一件代发通常是一种无货源发货模式，旨在解决小卖家的囤货风险、资金压力等问题。在这种模式下，卖家通常不需要提前支付大量资金给供应商作为保证金。
2. 淘宝等电商平台的规定：以淘宝为例，开店一件代发并不需要额外支付保证金给平台或供应商（除非特定类目有要求）。保证金主要是交给淘宝平台作为消费者权益的保障，而非支付给合作公司。

我的观点：开网店与公司合作一件代发时，要求支付保证金是否合理取决于具体情况。如果合同中有明确、公平、合理的约定，并且符合双方的真实意愿，那么这种要求是合理的。然而，如果公司要求支付的保证金过高、没有明确的用途或返还条件，或者存在其他不公平、不合理的条款，那么这种要求可能是不合理的，甚至可能构成违法行为。

我建议：在与公司合作一件代发时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于保证金的约定部分。如有疑问或发现不合理之处，应及时咨询专业律师以维护自己的合法权益。此外，还可以选择信誉良好、合规经营的公司进行合作以降低风险。