如果被申请人盖的公章不对，应当首先核实公章的真实性，并视具体情况采取相应的法律措施，包括但不限于提出异议、申请鉴定或提起诉讼。
一. 核实公章的真实性
- 对比备案公章：可以请求相关部门或机构，如工商行政管理部门或公安机关，调取被申请人的备案公章样本，与实际使用的公章进行对比。
- 专业鉴定：如有必要，可以聘请专业的鉴定机构对公章进行鉴定，以确定其真伪。
二. 采取法律措施
提出异议：如果公章确实存在问题，且该公章的使用对您的权益产生了影响，您可以在相关的法律程序中提出异议，指出公章的不合规性。
- 例如，在合同纠纷中，如果被申请人使用的公章与其备案公章不符，您可以以此为由对合同的有效性提出质疑。
申请鉴定：在诉讼或仲裁过程中，可以申请法院或仲裁机构委托专业机构对公章进行鉴定，以确保鉴定的公正性和权威性。
提起诉讼：如果公章的伪造或使用不当导致了您的损失，您可以考虑提起诉讼，要求被申请人承担相应的法律责任。
- 例如，如果因为被申请人使用伪造公章签订了合同，导致您遭受了经济损失，您可以提起民事诉讼，要求赔偿。
三. 法律依据
- 《中华人民共和国民法典》第一百四十三条：具备下列条件的民事法律行为有效：（一）行为人具有相应的民事行为能力；（二）意思表示真实；（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。如果公章不真实，可能影响合同的效力。
- 《中华人民共和国民事诉讼法》第七十九条：当事人可以就查明事实的专门性问题向人民法院申请鉴定。当事人申请鉴定的，由双方当事人协商确定具备资格的鉴定人；协商不成的，由人民法院指定。当事人未申请鉴定，人民法院对专门性问题认为需要鉴定的，应当委托具备资格的鉴定人进行鉴定。
我建议，在发现被申请人盖的公章不对时，应尽快采取行动，核实公章的真实性，并根据实际情况采取相应的法律措施，以维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。