员工因请长病假而被公司不同对待，确实可以向有关部门申诉。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
一. 法律保障
- 劳动者权益保护：根据《中华人民共和国劳动法》第三条，劳动者享有平等就业和选择职业的权利、取得劳动报酬的权利、休息休假的权利等。员工请长病假是其休息休假权利的一部分，公司不应因此给予不同对待。
- 病假待遇规定：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工在医疗期内，公司应按照规定支付病假工资或疾病救济费，且不得解除劳动合同（除非有特定情形）。
二. 申诉途径
- 内部申诉：首先，员工可以尝试与公司进行内部沟通，通过人事部门或工会等渠道表达诉求，寻求合理解决。
- 外部申诉：如果内部沟通无果，员工可以向当地劳动监察大队投诉，或者提起劳动仲裁，甚至诉诸法院。这些途径都能有效维护员工的合法权益。
三. 申诉准备
- 收集证据：在申诉前，员工应尽可能收集相关证据，如病假证明、工资单、公司规章制度等，以证明自己的合法权益受到侵害。
- 了解法律：熟悉相关法律法规，明确自己的权利和义务，以及公司的法律责任。
综上所述，员工因请长病假而被公司不同对待时，完全有权向有关部门申诉。我建议员工在申诉前做好充分准备，包括收集证据和了解法律，以确保自己的权益得到有效维护。如有进一步需要，您可以继续咨询我。