年销售不超500万的合作社没有进项只有销项，从税务角度来看，并不直接决定其合法性，但可能引发税务风险和稽查。具体分析如下：

一. 税务合规性

1. 增值税原理：在增值税制度下，进项税和销项税是企业计算应纳增值税额的两个关键要素。进项税是合作社购入商品或接受服务时支付的增值税，可以作为合作社的税前扣除项；销项税则是合作社销售商品或提供服务时收取的增值税。正常情况下，两者应相互抵扣，计算应纳税额。
2. 缺乏进项税的影响：如果合作社只有销项没有进项，意味着其销售商品或提供服务时收取了增值税，但没有相应的购入成本或费用来抵扣，这可能导致合作社需要缴纳较高的增值税。同时，这也可能引发税务部门的关注，因为这种情况在税务上可能被视为异常，存在逃税、漏税的嫌疑。

二. 法律风险与应对

1. 税务风险：长期只有销项没有进项，可能面临税务部门的稽查，甚至可能被认定为偷税、逃税，从而面临税务行政处罚，如补缴税款、滞纳金、罚款等，严重时还可能涉及刑事责任。
2. 合规建议：合作社应确保税务合规，如实申报纳税，避免逃税、漏税行为。如果确实存在只有销项没有进项的情况，应主动向税务部门说明情况，并提供相关证明材料，以减少税务风险。

三. 实际经营考虑

• 例如，一个合作社如果主要从事农产品销售，但因为没有规范的进项发票管理，导致只有销项没有进项，这不仅会增加税务负担，还可能影响合作社的声誉和长期发展。因此，合作社应加强财务管理，确保每一笔交易都有合法的发票和凭证。

我建议合作社应重视税务合规性，加强财务管理和发票管理，确保每一项交易都符合税务规定。如果确实存在税务问题或疑虑，应及时咨询税务部门或专业律师，以避免不必要的法律风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。